En cette fin de matinée d’août 2015, les herpétologues arrivent au compte-goutte sous le carbet du Graine à Montabo. Style décontracté, pantalon kaki, un peu geek, même s’il y a peu de chance de les confondre avec des fans de Star Wars. Il s’agit en fait de la première rencontre herpétologique de Guyane qui regroupe, pour un après-midi, plus d’une vingtaine de fondus de grenouilles, lézards, serpents et autres animaux étranges. Et encore, seule la moitié d’entre eux étaient présents ! Professionnels, amateurs, tout le monde se retrouve autour d’une passion commune. Ambiance studieuse pendant la présentation de Jean-Christophe de Massary du Muséum national d’histoire naturelle, venu spécialement de Paris pour présenter des outils de science participative. Ça discute ferme pendant celle de Daniel Baudain, infirmier à Saint-Georges-de-l’Oyapock quand il n’arpente pas les mares bottes aux pieds, venu nous faire part de ses dernières trouvailles.
Les amphibiens sont des animaux fascinants à tout point de vue et pour les herpétologues, la Guyane représente une “ Mecque” en la matière. On y rencontre une diversité parmi les plus élevées au monde avec typiquement de 60 à 90 espèces sur un site donné. Ici, il n’est pas rare d’en croiser ou d’en entendre une trentaine en quelques heures, ce qui est quelque chose d’exceptionnel ailleurs sur la planète, même dans des forêts tropicales humides pourtant à première vue semblables. Cette “ mégadiversité ” particulière à l’Amazonie avait déjà suscité l’émerveillement des explorateurs, mais aussi l’intérêt des premiers biologistes de l’évolution tels que Wallace, Darwin et Bates. Alfred Russel Wallace, le codécouvreur avec Darwin de l’évolution par sélection naturelle avait même remarqué que la distribution de certaines espèces de singe correspondait avec les grands cours d’eau parcourant l’Amazonie. Cette observation l’avait amené à formuler une des premières hypothèses sur la formation des espèces dans cette région. Aujourd’hui, la question des mécanismes à l’origine de cette diversité est encore très étudiée et au cœur de projets de recherche menés en Guyane. Le LabEx CEBA (laboratoire d’excellence Centre d’Étude de la Biodiversité Amazonienne) qui fédère un ensemble d’équipes basées en Guyane et en métropole, a fait de cette question un des axes majeurs de recherche.

Combien d’amphibiens en Amazonie ?

Carte de la diversité des amphibiens. Source Union Internationale pour la Conservation de la Nature.

Carte de la diversité des amphibiens. Source Union Internationale pour la Conservation de la Nature.

En Guyane, c’est la publication en 2001 par Jean Lescure et Christian Marty du premier atlas des amphibiens de Guyane ainsi que celle du CD des chants des anoures de Guyane par Christian Marty et Philippe Gaucher qui ont lancé de nombreux naturalistes sur la piste de ces étranges bestioles. Cependant, malgré l’intérêt qu’ils suscitent depuis 15 ans et au grand dam des herpétologues guyanais, les amphibiens d’Amazonie restent très mal connus. D’après l’UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature), la Guyane abriterait à elle seule environ 110 espèces d’amphibiens alors qu’environ 500 sont décrites dans les 6 millions de km² de l’Amazonie. Selon les mêmes sources officielles, les deux tiers des espèces de la région des Guyanes seraient largement réparties sur l’Amazonie et réciproquement, l’autre tiers serait endémique c’est-a-dire trouvé exclusivement dans la région des Guyanes. Sachant que ces animaux se déplacent peu, qu’ils sont particulièrement sensibles à de faibles variations d’humidité et de température et que l’Amazonie n’est pas aussi homogène en la matière que l’on pourrait le croire, ces chiffres semblent sous-estimés.

De plus, l’histoire de l’Amazonie n’est pas un long fleuve tranquille ; elle est balisée de changements brutaux qui ont nécessairement isolé, fragmenté et alternativement créé des voies de dispersion pour ses habitants. Par exemple, les fluctuations climatiques des derniers millions d’années ont provoqué des changements drastiques dans la distribution des habitats, induisant probablement parfois la fragmentation de la forêt au profit des savanes. L’Amazone, lui-même, est un fleuve qui n’occupe son cours actuel, que depuis seulement 10 à 7 millions d’années.
D’ailleurs, au cours de ces dernières années, le nombre d’espèces décrites a littéralement explosé (environ 1 800 depuis dix ans), et ce, principalement en provenance des forêts tropicales de la planète. Il s’agit souvent d’espèces considérées à tort comme étant largement réparties et au sein desquelles se cachent en réalité plusieurs espèces, chacune ayant une répartition plus restreinte. Cette inflation du nombre d’espèces tient en partie à l’utilisation de données génétiques qui s’est généralisée. Ces séquences d’ADN  (1)provenant de différents individus et de populations variées permettent, une fois comparées, de mettre au jour des dissemblances souvent insoupçonnées. Fréquemment, en réexaminant les chants et la morphologie à la lumière de cette information, on découvre des particularités qui permettent de délimiter ces nouvelles espèces. Les conclusions qui découlent de l’analyse de l’ADN ont également chamboulé notre perception des relations entre les branches de l’arbre du vivant à tous ses niveaux. Grâce à l’ADN, on connaît aujourd’hui beaucoup mieux comment les grands groupes d’amphibiens se sont diversifiés. En Amazonie, 95 % des espèces appartiennent au groupe des Hyloidea, une radiation qui a débuté il y a environ 100 millions d’années avec la cassure du Gondwana (ancien continent de l’hémisphère Sud regroupant notamment l’Afrique, l’Australie et l’Amérique du Sud). La connaissance des relations entre les familles et les genres au sein de ce groupe a beaucoup évolué au fil des années grâce à l’analyse de ces données génétiques. Cela s’est traduit par des changements taxonomiques successifs rendant en grande partie obsolète un référentiel basé sur la morphologie qui était en place depuis des décennies. Ce fut d’ailleurs un des sujets de discussion lors des Rencontres herpétologiques de Guyane du mois d’août : « Mais alors, Cochranella oyampiensis c’est Vitreorana maintenant, c’est bien ça ? » ou autre phrase du même genre, incompréhensible pour des non-spécialistes, fusant à la fin de certaines présentations. Ces changements incessants, qui agacent certains naturalistes, sont toutefois des étapes nécessaires vers la stabilisation de la nomenclature et ils redonnent en réalité un sens biologique à l’outil taxonomique.

Tout au bout des branches de l’arbre, les feuilles forment parfois des touffes d’espèces très proches les unes des autres qui sont souvent difficiles à distinguer. Depuis 10 ans, l’examen des données moléculaires des espèces d’amphibiens de la région des Guyanes, mais aussi de leur vocalisation, de leur morphologie et de leur écologie, a permis d’arriver à une estimation plus proche de la réalité. Ces résultats démontrent que la Guyane abrite en réalité au moins 140 espèces, et que plus de 70 % sont endémiques de la région des Guyanes. Si l’endémisme local est du même ordre dans les autres régions moins connues d’Amazonie telles que le Pará ou le Rondônia, le nombre total d’espèces d’amphibiens amazoniens dépasse sans doute très largement le millier.
Cela implique également qu’une cinquantaine, d’espèces (40 %) ne sont pas encore décrites. Certaines sont communes et bien connues des herpétologues guyanais, mais le nom qu’on leur attribue correspond en fait à une espèce du Pérou ou d’Équateur ; car c’est là que se trouve l’endroit d’où provient l’individu qui a servi à décrire l’espèce. Un bon exemple est celui de Dendropsophus brevifrons, décrit originellement d’Équateur en 1974 et qui était considérée comme présent en Guyane. L’analyse de son ADN et de son chant a montré que les populations de la région des Guyanes correspondaient en fait à une espèce bien différente qui vient d’être décrite sous le nom de Dendropsophus counani. On constate de nombreux cas similaires bien qu’il y ait parfois des découvertes de première main, comme celle d’un Pristimantis capturé pour la première fois en 2012 par Michel Blanc dans le sud-ouest de la Guyane. Une grande partie du territoire est en effet difficile d’accès et recèle sans doute encore bien des surprises. De toute évidence « l’ampleur de notre ignorance est colossale ! » comme le répète avec fréquence et emphase un célèbre herpétologue brésilien (Miguel Rodrigues) à propos de l’Amazonie. C’est la raison pour laquelle la communauté des herpétologues de Guyane peut s’enorgueillir de compter autant de membres. Car ceux-ci participent activement à l’acquisition d’informations cruciales et l’état des connaissances sur les amphibiens de Guyane est de loin le plus avancé comparé aux régions avoisinantes comme le Suriname ou l’Amapá où le naturalisme est un passe-temps fort peu prisé et les scientifiques rares.

Les amphibiens sous pression

Pourquoi est-il si important de connaître et décrire cette diversité ? Les amphibiens sont actuellement le groupe de vertébrés le plus menacé avec 30 % d’espèces en voie d’extinction. Or, ces animaux sont considérés comme des bio-indicateurs, témoins du déclin planétaire de la biodiversité. Ils sont même parfois comparés aux canaris emmenés dans les mines de charbon. Lorsque ceux-ci mouraient, cela indiquait aux mineurs une concentration dangereuse du “ grisou” (méthane) et leur donnait le temps de fuir. Comment peut-on prendre la mesure de cette fameuse crise de la biodiversité, dont les amphibiens seraient parmi les premières victimes, si notre perception du nombre et de la distribution des espèces est si loin de la réalité ? On peut déjà facilement comprendre que la situation est pire qu’annoncée si nombre d’entre elles sont en fait des groupes d’espèces ayant chacune une aire de distribution plus petite. La disparition d’une partie de l’aire de distribution menacerait ainsi, non plus des populations, mais une ou plusieurs espèces dans leur ensemble qui, par-dessus le marché, ne seraient même pas décrites. On estime par ailleurs que les amphibiens d’Amazonie vont être particulièrement touchés par les changements climatiques. En Guyane, une espèce en particulier, Pristimantis espedeus, en particulier, qui n’a été décrit qu’en 2013, pourrait très prochainement souffrir des modifications du climat. Celui-ci n’est présent que sur les reliefs de l’est du Plateau des Guyanes dépassant 400 m d’altitude. Il n’existe donc qu’une poignée de populations. Les prévisions climatiques pour 2080 suggèrent que toutes les zones aujourd’hui favorables à cette espèce sont amenées à disparaître. Comme il est peu probable qu’elle soit capable de se déplacer ou de s’adapter à des conditions plus chaudes ou plus sèches, son avenir est sombre. Cette menace pèse certainement sur de nombreuses espèces d’amphibiens dont une proportion non négligeable n’est même pas encore connue. Quant aux conséquences sur le fragile équilibre de leurs écosystèmes, il est difficile à prévoir.
Le changement climatique n’est pas la seule menace qui pèse sur les amphibiens d’Amazonie. La destruction directe de leurs habitats est un problème bien plus spectaculaire à première vue, notamment en Amazonie méridionale au niveau de l’arc de déforestation. La sous-estimation de l’endémisme régional au sein de l’Amazonie implique que de nombreuses espèces sont (étaient ?) probablement endémiques de ces forêts dont il ne reste déjà plus que des confettis. En Guyane, les espèces forestières sont peu menacées par la destruction directe des habitats qui sont encore relativement bien préservés, notamment par de nombreuses aires protégées. En revanche, on ne peut pas en dire autant du fin chapelet de savanes de la bande littorale où se concentrent les activités humaines et les projets d’aménagements. De nombreux amphibiens y sont inféodés et certains ne sont connus que d’une poignée de populations comme Leptodactylus chaquensis et Dendropsophus gaucheri.

De nouvelles maladies qui noircissent le tableau

Une autre menace plus insidieuse pèse sur les amphibiens. Il s’agit d’un champignon pathogène appelé Batrachochytrium dendrobatidis qui peut causer une maladie nommée la Chytridiomycose ou “ chytrid”. Toutes les espèces ne sont pas sensibles de la même façon à ce champignon, mais, dans certains cas, la mortalité est tellement forte qu’elle peut mener la population, voire l’espèce à l’extinction. Jusqu’à présent, les déclins liés à cette maladie, d’abord considérés comme énigmatiques, se sont concentrés dans les régions montagneuses d’Australie, d’Amérique centrale, des Andes et de forêt Atlantique alors que les forêts tropicales de basse altitude comme en Amazonie semblaient à l’abri de cette menace. Néanmoins, très peu de suivis de populations sont conduits dans ces zones et il n’est pas impossible que ces déclins aient pu passer inaperçus. D’ailleurs, la présence de ce champignon a été détectée en Amazonie, notamment en Guyane où celui-ci s’est révélé particulièrement fréquent chez des espèces du groupe des Dendrobatoidea. Cependant, aucun déclin lié à cette maladie n’a été pour l’instant observé en Guyane même si plusieurs populations d’une espèce endémique de Guyane (Anomaloglossus degranvillei) documentées entre 2001 et 2012 n’ont plus été contactées lors de prospections récentes. Or, cette espèce du groupe des Dendrobatoidea est associée aux ruisseaux des reliefs, caractéristique qu’elle partage d’ailleurs avec des espèces particulièrement sensibles à ce champignon dans d’autres régions. Toutes ces menaces ne risquent pas seulement de réduire une liste d’espèces, mais également des interactions et des adaptations qui sont le fruit de millions d’années d’évolution. Pour toutes ces raisons, il est important de se préoccuper de leur conservation et de les étudier. Une espèce ne peut pas être protégée légalement si elle n’est pas décrite, son statut ne peut pas être évalué si on ne connaît pas son aire de distribution et sa biologie, et on ne peut pas mesurer de déclin éventuel si aucun suivi n’est en place. Bref, les herpétologues ont du pain sur la planche.

Texte par Antoine Fouquet & Élodie Courtois
Photos Guillaume Feuillet, Antoine Baglan, Mathieu Ever & Antoine Fouquet

(1) L’acide désoxyribonucléique est une molécule présente dans tous les organismes vivants et qui contient l’information génétique permettant leur développement et le fonctionnement. Cette molécule est utilisée par les scientifiques pour étudier les relations de parenté entre les espèces