Au cours des trois derniers millions d’années, des changements climatiques et écologiques importants sont survenus sur le bassin amazonien. Ils ont eu de fortes répercussions sur la biodiversité, dont on retrouve des traces au niveau génétique chez les espèces encore présentes actuellement. Une récente étude sur les tapirs en Guyane  (maïpouri) et en Amérique du sud a amené de nouvelles informations sur cette histoire de l’Amazonie. Les données fossiles suggèrent qu’une dizaine de tapirs existaient sur le continent il y a quelques millions d’années. Seules deux sont encore présentes. Elles sont issues récemment d’un ancêtre commun qui a disparu, comme ses congénères, lors des grandes extinctions du Pleistocène il y a 2 millions d’années. Cette grande vague d’extinction aurait ainsi libéré des habitats, des ressources alimentaires, et les tapirs actuels en auraient bénéficié. La génétique montre en effet une expansion importante des populations à cette période.
A l’heure actuelle, la distribution de la variabilité génétique suggère l’existence de quatre grands groupes de tapirs, localisés pour deux d’entre eux dans la région du Haut Amazone,  pour un troisième au nord, et pour le dernier au sud de l’Amazone. C’est à cette grande échelle, avec finalement un rôle assez peu important des différences écologiques locales dans la structuration des populations, que doivent se mettre en place les programmes de conservation de l’espèce.