Les experts s’étaient alarmés en 1973, 1998 puis en 2005 des épisodes de sécheresse qui touchaient alors le bassin amazonien (la station de surveillance installée à Santarém avait enregistré une baisse de quinze mètres du niveau de l’Amazone). Un nouvel état d’urgence a été décrété en 2009, alors que le bassin amazonien a été confronté à une sécheresse particulièrement sévère, touchant les fleuves Juruá, Amazone et des villes comme Leticia en Colombie ou Iquitos au Pérou. Les scientifiques avancent plusieurs causes : le réchauffement de la surface des océans Atlantique et Pacifique affaiblirait les alizés et diminuerait le flux de la mousson en direction de l’Amazonie ; les glaciers Andins qui contribuaient à maintenir l’étiage de l’Amazone et des ses affluents à la saison sèche ont vu leur superficie se réduire de 22% au cours des trente dernières années ; Et la déforestation massive de la forêt aurait entraîné un dérèglement du régime de l’évapotranspiration, qui génère 50% des pluies tombant sur le bassin fluvial amazonien.